Les causes de la régression des effectifs de Courlis cendré en Europe sont multiples et en interactions.
La perte et la dégradation de leurs habitats représentent la cause majeure du déclin des populations nicheuses. En effet, suite à la forte anthropisation du milieu induisant une transformation rapide et considérable des pratiques et usages, de profondes modifications des milieux sont observées depuis le 20ème siècle. Le Courlis voit ainsi sa surface d’habitats régresser rapidement suite à l’exploitation de plus en plus intensive des prairies, et de leur morcellement par les cultures (Frey in Sigwalt 1994, Glutz von Blotzheim et al. 1977, Bezzel in Sigwalt 1994). Tous ses habitats sont touchés, principalement ceux dans lesquels il se reproduit. La modification des pratiques agricoles a aussi un impact non négligeable sur la reproduction de l’oiseau, induisant des désertifications de nids, des piétinements d’œufs (fauches précoces), et de nombreux cas d’infertilité (responsables jusqu’à 42% des échecs d’éclosion) liés aux fortes quantités d’intrants utilisés.
La prédation est aussi un facteur important, étroitement lié à la perte et la dégradation des habitats, et est même la cause majeure des échecs de ponte en période de reproduction. Les principaux prédateurs en Europe sont le Renard roux (Vulpes vulpes), le Blaireau d’Europe (Meles meles), le Chien viverrin (Nyctereutes procyonoides), le Raton laveur (Procyon lotor), les Corneilles (Corvus sp.) et les Sangliers (Sus scrofa). Des études en Europe ont montré que la prédation pouvait être responsable de 52 à 97% des échecs de nidification, et de 64 à 74% de mortalité des poussins, mais de seulement 5% de mortalité en milieu non fragmenté (Boschert 2004, 2005; Grant et al. 1999; Valkama & Currie’s 1999). Ainsi, Fletcher et al. (2010) a montré expérimentalement dans les landes d’altitude britanniques que le contrôle du Renard et de la Corneille triplait le succès de reproduction du Vanneau, du Pluvier doré et du Courlis cendré.
Le dérangement des oiseaux causé par les rapaces et l’homme a un effet immédiat sur le comportement des limicoles, leur répartition et leur bilan énergétique (Cayford 1993, Kirby et al. 1993, Triplet et al. 1998b, Yasué 2006), d’autant que le Courlis cendré est particulièrement méfiant et farouche (Davidson & Rothwell 1993). En périodes inter-nuptiale, le dérangement causé par
l’homme est lié aux activités de loisirs telles l’aéronautique et l’utilisation d’aéronefs qui sont en pleine expansion, les balades et pêches à pieds, et la chasse.
D’autres facteurs peuvent avoir des conséquences sur les populations de Courlis cendré, tels la transmission de pathogènes, la pollution, notamment lumineuse, les évènements météorologiques, etc…