Le Courlis cendré est considéré comme ayant un statut de conservation défavorable au sein de l’Europe, où niche la totalité de la sous-espèce type N. arquata arquata (BirdLife 2004, Delany et al. 2009, UICN France et al. 2011). L’espèce est considérée « à surveiller » par Rocamora & Yeatman-Berthelot (1999), « Vulnérable » par UICN France et al. (2011) et « quasi menacée » (NT) par l’IUCN world (2015).
Le Courlis cendré est une espèce cynégétique faisant partie de l’annexe II B de la Directive 2009/147/EC. Parmi les pays membres de l’Union européenne, sa chasse peut être autorisée au Danemark, en France, en Irlande et au Royaume-Uni, et doit respecter les principes d’une utilisation raisonnée. Actuellement, la chasse n'est encore pratiquée qu'en France et uniquement sur le domaine public maritime (DPM). En effet, le Courlis cendré fait l'objet d'un moratoire suspendant sa chasse, d'abord sur tout le territoire de juillet 2008 à février 2012, puis uniquement sur les sites continentaux depuis 2012. Chaque année, la chasse ouvre sur le DPM du premier week-end d'août à fin janvier.
Il fait partie de l’annexe III de la convention de Berne sur la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel. À ce titre, l’État français doit prendre les mesures nécessaires pour maintenir ou adapter sa population à un niveau qui correspond notamment aux exigences écologiques, scientifiques et culturelles, tout en tenant compte des exigences économiques et récréationnelles ; il doit accorder une attention particulière à la protection des zones qui ont une importance pour le Courlis cendré et qui sont situées de manière adéquate par rapport à ses voies de migration ; son exploitation doit être réglementée de manière à maintenir l’existence de ses populations hors de danger, notamment par l’institution de périodes de fermeture adaptées à ses besoins, et par la réglementation de sa vente.
Le Courlis cendré est inscrit à l’annexe II de la convention de Bonn sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage. Il fait donc partie des espèces migratrices au sujet desquelles les États parties de cette convention doivent promouvoir des travaux de recherche, et conclure des accords.
Il fait partie de l’annexe 2 de l’Accord AEWA (Accord sur la conservation des oiseaux d’eau migrateurs d’Afrique-Eurasie) sous cette Convention (Boere & Lenten 1998), c’est-à-dire que cet Accord s’applique à cette espèce. Les parties de cet Accord s’engagent à favoriser la protection, la gestion, la réhabilitation et la restauration des sites et habitats de cette espèce, et s’efforcent d’assurer une protection spéciale aux zones humides qui répondent aux critères d’importance internationale.
En France, sa commercialisation est interdite. Sa capture et son prélèvement ne sont autorisés que par les modes et moyens de chasse légaux, dans les lieux et temps fixés par la réglementation. Des autorisations particulières nominatives peuvent être accordées par l’administration pour sa capture ou son prélèvement à des fins scientifiques.